Процедура банкротства началась в 2009 году, в 2013‑м комбинат остановил производство. Проект постепенного закрытия предприятия включал в себя рекультивацию мест захоронения отходов, демонтаж оборудования, санацию промышленной площадки, создание новых рабочих мест и целый ряд других мер. Байкальский ЦБК сбрасывал в воды озера Байкал от 27 до 49 млн тонн сточных вод. Из-за большого количества сбрасываемых отходов предприятие постоянно критиковали экологи.